На предприятии внедрены наилучшие доступные технологии в области охраны окружающей среды и снижения выбросов, а также системы экологического менеджмента. Регулярно проводятся исследования воды, воздуха, почв. Контроль осуществляют независимые аккредитованные лаборатории.

Одной из главных особенностей Томинского ГОКа является его связь с проектом по ликвидации Коркинского угольного разреза, закрытого в 2017 году. Проектом предусмотрено использовать в ходе ликвидации разреза хвосты обогатительной фабрики Томинского ГОКа, из которых производится закладочный материал. Благодаря такому решению на комбинате отсутствует хвостохранилище, что, в свою очередь, также значительно снижает воздействие на окружающую среду. Кроме того, это позволило полностью устранить выбросы от эндогенных пожаров в городе Коркино, источником которых был разрез.